El Estado mexicano es oficialmente laico. La separación entre las instituciones religiosas y la administración política de la nación quedó consagrada en la Constitución de 1857, y fue ratificada en la constitución vigente. La constitución de 1824 declaraba que la religión oficial de la República sería la católica, y Morelos señalaba que no debería haber tolerancia para ninguna otra. A partir de la segunda mitad del siglo XX, inició un proceso de introducción de credos diferentes al católico.

La década de 1920 fue marcada por un conflicto religioso conocido como la Guerra Cristera, en la cual muchos campesinos alentados por el clero se enfrentaron al gobierno revolucionario que había decidido poner en vigencia las leyes constitucionales de 1917. Entre las medidas contempladas por la Carta Magna estaban la supresión de las órdenes monásticas y la cancelación de todo culto religioso. La guerra concluyó con un acuerdo entre las partes en conflicto (Iglesia Católica y Estado), por medio del cual se definieron los respectivos campos de acción. Hasta la mitad de la década de 1990, la constitución mexicana no reconocía la existencia de ninguna agrupación religiosa. En 1993 fue promulgada una ley mediante la cual, el estado les concedía personalidad jurídica como Asociaciones religiosas. Este hecho permitió el restablecimiento de relaciones diplomáticas con el Vaticano, al cual, el Estado mexicano no reconocía como entidad política.

El 26 de enero de 2007 el Papa Benedicto XVI erigió la diócesis de Ensenada con el presbitero Sigifredo Noriega Barceló como primer obispo, dividiéndose el país actualmente en 84 circunscripciones eclesiásticas.

Según las cifras del INEGI, la mayor parte de los mexicanos se declara católica (aproximadamente un 96%). La segunda agrupación religiosa son los Testigos de Jehová, que suman más de 1 millón de adeptos, que convierten a la congregación mexicana de esa religión en la segunda a nivel mundial. En tercer lugar se encuentra la Iglesia de la Luz del Mundo, que tiene su centro en La Hermosa Provincia, una colonia de Guadalajara. Las denominaciones pentecostales tienen también una presencia importante, sobre todo en las ciudades de la frontera y las comunidades indígenas. De hecho, las iglesias pentecostales juntas suman más de 1.300.000 adeptos, que en números netos las colocan como el segundo credo religioso en México. Cambia la situación cuando se consideran las diferentes denominaciones pentecostales como entidades separadas.

La proporción de católicos es variable en diferentes ámbitos sociales. En las ciudades, suele ser más baja, aunque hay algunas regiones indígenas en donde los integrantes de credos protestantes alcanzan un porcentaje de 30%. Incluso, en algunas zonas de Chiapas, la comunidad de indígenas musulmanes suma unos 5.000 creyentes. La mayor diversidad religiosa se presenta en la zona norte del país, fronteriza con los Estados Unidos, y en el sureste, cuya población tiene un fuerte componente indígena. El centro, y especialmente la región del Bajío, es abrumadoramente católica. Por ejemplo, el 95% de los hidrocálidos originarios de Aguascalientes, se declara católico, igual que poco más del 90% de la población de Jalisco y Guanajuato. También es importante el número de personas que no profesan ninguna religión. Suman más de 2 millones del total de 84 millones de personas mayores de 5 años (cerca del 3% del universo contemplado en los tabulados del INEGI).

En ciertas regiones, la profesión de un credo diferente del católico es vista como una amenaza para la unidad comunitaria. Se argumenta que la religión católica forma parte de la identidad étnica, y que los protestantes no están dispuestos a participar de los usos y costumbres tradicionales (el tequio o trabajo comunitario, la participación en las fiestas patronales y cuestiones similares). La negativa de los protestantes se debe a que sus creencias religiosas no les permiten participar en el culto a las imágenes. En los casos extremos, la tensión entre católicos y protestantes ha dado lugar a la expulsión de los protestantes en varios pueblos. Los casos más conocidos son los de San Juan Chamula [7] [8], en Chiapas, y San Nicolás, en Ixmiquilpan [9], Hidalgo. Un argumento similar fue presentado por un comité de antropólogos para solicitar al gobierno de la República la expulsión del Instituto Lingüístico de Verano (ILV), en el año 1979, al cual se acusó de promover la división de los pueblos indígenas al traducir la Biblia a los idiomas vernáculos y evangelizar en un credo protestante que amenazaba la integridad de las culturas populares. El gobierno mexicano prestó atención al llamamiento de los antropólogos y canceló el convenio que tenía celebrado con el ILV. Los conflictos también se han dado en otros ámbitos de la vida social. Por ejemplo, dado que los Testigos de Jehová tienen prohibida la rendición de honores a los símbolos patrios (algo que en las escuelas públicas de México se realiza cada lunes), los niños que han sido educados en esa religión eran expulsados de las escuelas públicas. Este tipo de problemas sólo se resuelven con la intervención de la Comisión Nacional de Derechos Humanos, y no siempre con resultados favorables para los niños. Más allá de las iglesias y denominaciones religiosas, persiste en México un fenómeno que algunos antropólogos y sociólogos llaman Religión Popular, esto es, la religión tal y como la práctica y entiende el pueblo. En México, el componente principal es la religión católica, a la que se han adherido elementos de otras creencias, ya de origen prehispánico, africano o asiático. En general, la religiosidad popular es vista con malos ojos por las religiones estructuradas. Uno de los casos más ejemplares de la religiosidad popular es el culto a la Santa Muerte. La jerarquía católica se empeña en calificarla como culto satánico. Sin embargo, la mayor parte de las personas que profesan este culto se declaran a sí mismos como creyentes católicos, y consideran que no hay ninguna contradicción entre los homenajes que brindan a la Niña Blanca y la adoración a Dios. Otros ejemplos son las representaciones de la Pasión de Cristo y la celebración del Día de Muertos, que se realizan en el marco del imaginario cristiano católico, pero bajo una reinterpretación muy particular de sus protagonistas.